Az első írásos említés Pusztavacsról 1274-ből való, ebben az időszakban vásártartási joggal is rendelkezett az Ocs néven létező település. Pusztavacso az 1200-as évek végén királyi adományként az Igmánd nemzetség birtokába, 1415-ben a Kolos családhoz került. 1440-ben egy sápi nemes lett a település tulajdonosa, ekkor kezdett épülni a község főterén napjainkig látható gótikus templom is. A török korszak kezdetére a település mezővárossá növekedett. A török időkben Vacs elnéptelenedett, az oszmán portyáktól megrémült lakossága Kecskemétre és Nagykőrösre menekült be. Ekkor pusztult el a település gótikus temploma is. A hódoltság ideje alatt az elnéptelenedett terület neve Vacs-puszta lett. A néptelen területet a Coburg hercegi család szerezte meg az 1700-as években, akik birtokukat 140 éven keresztül bérbe adták Kecskemét városának legeltetésre.

Vacs-puszta a 19. században népesült be újra. Előbb tanyák jelentek meg területén, majd a templomrom körül megkezdődött a mai község kialakulása. A 19. század végén Pusztavacs déli és nyugati határában nagyarányú erdőtelepítések zajlottak, ekkor alakult ki határának hatalmas erdőkkel borított mai képe is. 1856-ben nyílt meg az új iskola. Pusztavacs 1871-ben szerveződött jogilag önálló községgé, ám ez az állapot csak 1970-ig tartott. 1970-ben a szomszédos Örkény nagyközséghez csatolták. Az 1980-as években az ország közepéhez közel eső nagyréten óriási tömegrendezvényeket, ún. Béke-fesztiválokat tartottak. A rossz szervezés miatt a falura nehezedő nyomás azonban hamarosan a kiváltotta a pusztavacsiak elégedetlenségét^] A fokozódó tiltakozás miatt 1985 után a Béke-fesztiválokat megszüntették. Pusztavacs az 1990-es önkormányzati választások idején nyerte el újra önállóságát.